入关戰爭前

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遼東

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明朝於早期實行「以夷治夷」，「分其枝，離其勢，互合爭長仇殺」政策，挑起東北少數民族之間的仇恨[12][13]。

根據史學家曹树基的數據，明朝末年遼東一帶總共約有300萬人口（不包括女真人），有約250萬人入關南遷並且剩下30萬遼東土著，有約20多萬人於數十年間在袁崇煥和毛文龍等明朝將領率領的軍隊和後金的戰爭衝突中喪生[14]。

陝西

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崇禎六年（1633年），明朝將領張應昌在陝西鎮壓農民起義，但不敢與起義軍正面作戰，又怕鎮壓不力而受到朝廷的懲罰，於是大量殺害平民，取人頭報功：「朝廷勤限平城，而行間殺良民報功，生靈日塗炭」[15]。

崇禎十一年（1638年）十六年（1643年）十一月，李自成親自攻打鳳翔，城破後屠城；又破慶陽府，屠城。十二月，闖軍破甘州，屠殺軍民四萬七千餘人。[16]

湖北

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崇禎十一年（1638年），明朝兵部尚書熊文燦在湖北鎮壓農民起義時濫殺無辜：「三月在蘄水，其兵殺鄉民報捷。民家環哭，竟不敢治一兵。蘄水，文燦家園也，鄉里如是，餘可知矣。是以捷報日張，寇勢愈熾。十三家之賊蹂躪南陽、汝寧，如履無人之境。文燦駐宛、汝已久，調度不聞，天下有如是剿法乎！」[15]

崇禎十六年（1643年）正月，張獻忠大西軍屠黄陂、蕲州、蕲水；五月，攻陷武昌府，沉殺楚王朱華奎並屠戮士民數十萬人，沿長江堆積屍體千里，倖存者多被砍斷手足或削去耳鼻。[17]

崇禎十七年（1644年），湖南一帶平民被明朝軍隊屠殺搶掠：“從醴陵、瀏陽抵長沙，並間河東州縣，俱逼焚殺不堪，小馬（馬士秀）兵在湘殺掠半月有餘，方下武昌。”，“在張獻忠的大西軍猛烈掃蕩後，明諸王、官兵和地方武裝，趁張獻忠大西軍撤出，又瘋狂報復，肆意掠奪，濫殺無辜。”[18]

山東

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1635年，1636年，1638年，1639年，1642年满清五次引兵攻占北直隶和山东承宣布政使司，杀掠无数，尤其是1642年攻陷济南府时，肆意戮掠后撤退，济南府城内外积尸十三万具。满清顺治朝时，山东多次爆发反抗满清统治而后被镇压的起义，这给当时的山东尤其是济南府造成不小的损毁。据说当时白天赤地千里，榛榛莽莽，夜晚手游鬼哭，人迹罕至（超过百万人遇害）。歷城縣誌記載：「焚杀官兵绅弁数十万人，踞城十有四日乃去。家余焦壁，室有深坑，湖井充塞，衢巷枕藉。盖千百年来未有之惨也！」

湖南

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崇禎十六年（1643年）八月，張獻忠大西軍於岳州殺盡搶掠所得婦女。[17]

河南

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崇禎十六年，明朝督師孫傳庭所統領的官軍，在攻下寶豐城後，以「為賊固守」為借口而殺光城中居民。[19]。太監劉元斌統兵逗留於歸德，縱兵大肆搶掠，殺平民冒功。[17]

山西

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崇禎十七年（1644年）二月，大順兵四十萬攻入山西，明總兵周遇吉於代州擊退大順軍後死守寧武關，殺賊萬人，城破後農民軍屠寧武。[17]

北直隸

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崇禎十六年（1643年）九月，明督師孫傳庭獲知大順軍的家屬多安置在北直隸唐縣，於是大舉攻城，城破後盡殺之。[17]

入关戰爭期間

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顺治元年（1644年），多尔衮率合计12万清兵入关，在一片石战役中联合吴三桂击溃李自成的大顺军，开始入主中原。

揚州

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主条目：揚州十日

扬州十日插图

《明季南略》记载在明清戰爭期間揚州多次被明軍將領高傑和劉澤清屠殺和洗劫，並且有性暴行的記載：「統兵南下，所至焚劫一空」；「東省附逆，河北悉為賊有，淮、揚人自為守。不意賊警未至，而高兵先亂。自傑渡河掠徐，至泗、至揚，四廂之民何啻百萬；殺人則積屍盈野、汙淫則辱及幼女。新舊城環圍，絕糧已經月余。何不恢已失之州邑而殺自有之良民也！」；「初，黃得功分地揚州，高傑、劉澤清以繁富爭之；縱兵淫掠，揚人大哄。」[20][21][22]

顺治二年、南明弘光元年（1645年）清军攻破扬州城並且对城中平民进行屠杀。当时南明将领史可法对清军進行抵抗，在同年四月廿五日（5月20日），清军攻占扬州后，当时大雨倾盆，多铎宣布在扬州城内进行屠杀。当时的幸存者王秀楚所著《扬州十日记》中记载屠杀共持续五天[23][24]。

《扬州十日记》記載了清军攻破扬州城后进行了为期五天的大肆屠杀，以及清軍封刀後“漢奸軍”在城中的搶掠殺戮：“诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一跌，遍身泥土；满地皆婴儿，或衬马蹄，或藉人足，肝脑涂地，泣声盈野。”“初四日，天始霁。道路积尸既经积雨暴涨，而青皮如蒙鼓，血肉内溃。秽臭逼人，复经日炙，其气愈甚。前后左右，处处焚灼。室中氤氲，结成如雾，腥闻百里。”后来由城内僧人收殓的尸体就超过了80万具。近代學者根据相关资料考证指出《明史·地理志》记载的万历年间扬州府人口为“八十一万七千五十六”；《扬州府志》所载人口较为复杂，在成化、嘉靖年间扬州府属全区人口在“七八十万左右”，到了“扬州十日”发生的1645年，扬州府的人口“不会超过一百万”。考虑到各种因素，这一年集中在扬州城里的人口“至多不会超过二三十万”，认为《扬州十日记》中“八十万”的数字有夸大失实之嫌[25]。另外，史學家從南明兵力、揚州守軍、清軍兵力、居民人數等幾個主要方面考查得出：一、當時清軍不足三萬人；二、揚州人口不可能超過八十萬人；三、負責埋死的僧人也僅有三千人，無以應付八十萬具屍體，另外焚屍的巨量木柴亦難以取得；四、揚州新舊兩城的面積（約380萬平方公尺），扣除一半的建築物佔地，也不足以承擔八十萬人口，認為揚州被屠殺八十萬人的說法應為誇大[26]。澳大利亞東亞史博士安東籬（Antonia Finnane）也指出明清戰爭時期的傷亡數字通常都不可靠[27]。

嘉定

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主条目：嘉定三屠

顺治二年、南明弘光元年（1645年）发生在清军攻破嘉定后，原為李闖軍部將，降明、降清後又反清歸明的将领李成栋帶領其同樣曾經效忠於大順的部隊三次下令对城中平民进行屠杀[28]。在屠城过程中，城中百姓或者悬梁自杀或者投井和跳河，被砍断手和脚的百姓在地上挣扎着[29]，李成棟的軍隊将一大部分逃生的百姓赶到河边，然后将他们赶进河中纷纷淹死，河里的水都不能流动了[30]。佔領軍每遇到一人就强迫他们献出自己家中的宝物，如果给很多的东西的话就可以活命，如果给的不多或者不满意，就直接把人杀掉[31]。

江阴

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主条目：江阴八十一日

顺治二年（1645年）清朝颁布剃发令后，江阴人民举行了反清起义，进行反清斗争。劉良佐[32]、李成棟[33]、孔有德[34]前後攻城軍隊數量各文獻記載自數萬至二十四万不等，江阴紳民守城八十一天，清军死伤數量各文獻記載自萬餘人至十万不等。但终因力量悬殊，粮食罄尽，城破后，清军屠城，被殺人數各文獻記載自萬餘人至數十萬人不等，據說後來全城只有五十三个人幸免[35][36][37]。

睢州

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于1985年出版的《清史论丛》（第六卷）记载顺治二年（1645年），南明睢州（今睢縣）總兵許定國用計殺害高杰後逃往黃河北岸降清，高杰部下為了洩憤報仇而在睢州一帶大肆屠殺，「殺掠無虛日」，導致「睢旁近二百里殆盡」[38]。

常熟

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清代小說《海角遗编》（又名《七峰遗编》[可疑]，作者真實姓名未知）寫道，在顺治二年，清军先后占领苏州和南直隶常熟之后纵兵焚烧杀掠。在常熟大屠杀中被屠杀的百姓无法计算，沿河沿岸都是人头[39][查证请求]。

四川

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主条目：屠蜀

从顺治三年（1646年）至康熙初期，清朝军队开始侵入四川，開始了清軍與明軍對峙以及農民軍在四川混戰的局面：“蜀人受禍慘甚，死傷殆盡，千百不存一二”[40]。直到顺治十六年（1659年），清军攻陷渝城（重庆）后，才算平复四川[41]。清初時以「湖廣填四川」來解決四川人口的缺口。

根據《明季南略》、《永曆實錄》、明朝遺民顧山貞以及外國傳教士等的記述，張獻忠是屠川的元兇之一：

《客滇述》：「（獻忠）又發兵四出，搜各州縣山野，不論男女老幼，逢人便殺」；「獻忠又令其大家遍收川兵殺之，及其妻子男異性，惟十時以下者僅留一、二」[42]。

《聖教入川記》：「殘殺之後，成都為之一空。除少數官員外，別無居民。荒涼慘象，不忍矚目。獻忠剿滅成都後，命令各鄉鎮村民移居成都」[43]。

《永曆實錄》：「獻忠之在蜀也，殺掠尤慘，城邑村野，至數百里無人跡。民逃入深山，不得食而死者委填岸谷；或採草木葉食之，得生者久乃化為野人，裸處林棲，體生白毛，遇人則搏殺之而吮其血。」[44]

在張獻忠死後出現了清軍跟南明軍對峙的局面，清軍的勢力於川北保宁一带，而南明军队占据着四川境内大部分州县[45]。根據《蜀龟鉴》的記載[46]，经过张献忠的军队的屠杀，川南的人口损失约50%，而川北的人口几乎损失殆尽。此外，明末清初四川人口的锐减，是多股势力混战的最终恶果，並不是张献忠一個人的責任，但死于张献忠之屠戮者占其中的三成，另有三成死于饥饿或疾病[47]。此外有學者認為是四川當地的地主以及南明将领污蔑和嫁祸张献忠[48]。

《皇明經世文編》中文震孟的奏疏記載了明軍在四川殺良冒功及淫污殺劫的情況：「而將無紀律，兵無行伍，淫污殺劫，慘不可言，所掠婦女，荊布者徒步隨行。錦繡者乘馬掩泣。尾賊而往，莫敢奮臂，所獲之級，半是良民。所報之功，毫無寔績。」[49][50]

建寧

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清朝順治五年四月初四（1648年4月26日）清晨，清军攻克福建建寧府城，並屠城。根據史料記載，建寧府城十萬明朝遺民以死明志：「敵人乘早霧登陴，建人驚覺，各歸縱火焚其居，先聚婦女於其中，俟焰熾，然後以身躍入。虜紿曰：勿縱火，當全汝輩命。其人若不聞，焚身猶挺立」。

同安

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顺治四年（1647年）清军攻克福建泉州同安县，然后屠城。福建同安县屠城死难5万余人，梵天寺住持无疑和尚收尸合葬于寺东北一里之地，建亭“无祠亭”，墓碑上则刻“万善同归所”[51]。

湘潭

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崇禎十七年正月，明軍左良玉部士兵屠戮湘潭百姓。二月，湘潭城居民從山林中躲兵歸來，“米價高昂，南北不通，百里之內，音信杳然”，縣內十分荒涼、蕭條，以至“市無貿，田無農，衙無胥吏”。

清順治元年（1644年）春，張獻忠率部撤出湘潭，馮典史任兩年縣令後也隨軍而撤走，義軍出湖南由荊州入四川。張獻忠在四川稱大西王。在張獻忠的大西軍猛烈掃蕩後，明諸王、官兵和地方武裝，趁張獻忠大西軍撤出，又瘋狂報復，肆意掠奪，濫殺無辜，正如《明季北略》所說：“人之居者、行者，俱不得安保其身命。”人民無法生活，只得逃往偏僻的深山之中[18]。

同年，在清軍入關後湖南一帶再次遭到明軍屠殺，單在湘潭有數十萬平民被明朝殘餘軍隊殺害[52]。

顺治六年（1649年）正月二十一日清军攻入湖南湘潭和沅州（今芷江），南明督師何騰蛟被俘。清郑亲王济尔哈朗下令在湘潭屠城，“屠至二十六日封刀，二十九日方止”。至此湘潭城中百姓几乎全被杀光，“城中不满百人[53]。沅州也遭到纵兵杀掠。

南雄

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顺治六年（1649年）農歷十二月二十九日，清軍抵達南雄，年三十除夕晚上清軍放火焚燒鼓樓，趁明軍慌亂救火之際，攻入城內屠殺，“大清平、靖二藩克雄城，民盡屠戮，十存二三”[54][55]。

大同

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主条目：大同之屠

广州

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主条目：庚寅之劫

顺治七年（1650年）清军攻广州，制造了庚寅之劫，「甲申更姓，七年讨殛。何辜生民，再遭六极。血溅天街，蝼蚁聚食。饥鸟啄肠，飞上城北。北风牛溲，堆积髑髅。或如宝塔，或如山邱。五行共尽，无智无愚，无贵无贱，同为一区。」[56]，「可喜屠广州，孑遗无留；逸出城者，挤之海中。」[57]《廣州市宗教志》：“清順治七年（1650年），清軍攻廣州，‘死難10萬至70萬人。’在東郊烏龍岡真修和尚雇人收拾屍骸，‘聚而殮之，埋其餘燼’合葬立碑”[58]。另有意見認為当时广州人口约40万，而死難者約十万人或超過十万人。[59][60]“清顺治六年十月，满清大军抵达广州，围困城池长达10个月，最终攻下城池，平南王尚可喜率清军攻陷广州之后，屠城十日，尸横遍地。广州城当时人口大约40万，死难者约五分之一。”[61]

意大利籍耶穌会士卫匡国（Martin Martini，1614～1661)在《鞑靼战纪》中记述:“大屠杀从11月24日一直进行到12月5日。他们不论男女老幼一律残酷地杀死，他们不说别的，只说：‘杀！杀死这些反叛的蛮子！”

荷兰使臣约翰纽霍夫(John Nieuhoff)在其《在联合省的东印度公司出师中国鞑靼大汗皇帝朝廷》一书记述：“鞑靼全军入城之后，全城顿时是一片凄惨景象，每个士兵开始破坏，抢走一切可以到手的东西；妇女、儿童和老人哭声震天；从11月26日到12月15日，各处街道所听到的，全是拷打、杀戮反叛蛮子的声音；全城到处是哀号、屠杀、劫掠；凡有足够财力者，都不惜代价以赎命，然后逃脱这些惨无人道的屠夫之手……在冬月的六日，總督及清軍統帥下令，即日起不得再從事如此殘酷的殺戮。我得到確切的消息，18天內，被韃靼人殘忍屠殺的，在八千人以上”。

潮州

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顺治十年（1653年）清军占领广东的潮州和南雄後「纵兵屠掠」：「癸巳，郡城破，横尸遍野……收遗骸十余万，作普同塔于葫芦山」。[62]揭阳县观音堂海德和尚等收尸聚焚于西湖山，将骨灰葬在西湖南岩。福建同安县屠城死难5万余人，梵天寺主持释无疑收尸合葬于寺东北一里之地，建亭「无祠亭」，墓碑上则刻「万善同归所」。南雄县民也遭到大肆屠杀，「大清平、靖二藩克雄城，民尽屠戮，十存二三」[63][64][65]。